​​
تمتد قناة السويس بين ميناء بورسعيد على البحر الأبيض المتوسط شمالا وحتى ميناء السويس على خليج السويس جنوبا حيث تتباين طبيعة التربة في هذه المنطقة من التربة الطينية شمالا إلي التربة الصخرية جنوبا. في بورسعيد والمناطق المحيطة بها من ترسب الطمي والطين عبر آلاف السنين القادم مع مياه النيل ومن خلال فرع دمياط. يمتد هذا التكوين الطينى للتربة حتى مدينة القنطرة، 40 كم جنوب بورسعيد حيث يختلط الطمي مع الرمال.تتكون التربة في القطاع الأوسط من القناة في المنطقة بين القنطرة وكبريت من خليط من الرمال الناعمة والخشنة. في حين تتكون التربة في القطاع الجنوبي من طبقات من الصخور الرملية والصخور الجيرية.

تقع قناة السويس في مستوى سطح البحر ويتغير مستوى سطح الماء تغير طفيف. يبلغ إرتفاع المد في الشمال حوالي 65 سم ويتسبب ذلك في إحداث تيارات بحرية بين البحر الأبيض المتوسط وبحيرة التمساح. يبلغ إرتفاع المد في الجنوب حوالي 1.9 متر ويتسبب ذلك في إحداث تيارات بحرية بين خليج السويس والبحيرات المرة.

تغطى جوانب القناة بتكسيات حجرية وستائر حديدية يختلف تصميمها طبقا لطبيعة المنطقة وذلك لحمايتها من الإنهيار نتيجة الضغط الواقع من الأمواج الناشئة عن مرور السفن في القناة.

تمتد شمعات الرباط على طول جانبي القناة بمعدل شمعة رباط كل 125 متر وذلك لرباط السفن في حالات الطوارئ. توجد أيضا علامات كيلومترية على طول القناة لمساعدة السفن على تحديد موقعها في المجري الملاحي. يتحدد المجرى الملاحي للقناة بواسطة شمندورات مزودة بعاكس راداري وإضاءة ليلية.

يختلف الميل الجانبي للمقطع العرضي للقناة تبعا لطبيعة التربة حيث تكون النسبة 4:1 في الشمال و 3:1 في الجنوب.​​


​​​